واعتقل الاحتلال الإسرائيلي عيسى في 19 أغسطس/آب 1995، بعد مكالمة هاتفية أجراها من هاتف عمومي في الضفة الغربية مع المهندس يحيى عياش الذي كان مطاردا في قطاع غزة.

ويقول عيسى -في سلسلة شهادته ضمن برنامج "شاهد على العصر"- إن أبواب جهنم فتحت عليه عندما وقعت العملية الاستشهادية الثانية في أغسطس/آب 1995، حيث ظل يخضع للتحقيق طوال 24 ساعة من طرف 4 محققين إسرائيليين، كانوا يسألونه عن العملية التالية التي ستقوم بها المقاومة الفلسطينية.

وشكلت العمليات الاستشهادية حالة رعب للإسرائيليين، وقال بعضهم إن العملية التي وقعت في أغسطس/آب 1995 كانت سببا في اغتيال إسحاق رابين عام 1995.

وبقي عيسى يتعرض للتعذيب داخل المعتقل طوال 21 يوما حتى أصبح عاجزا عن أداء الصلاة من شدة التعذيب، لكن تكتيك المحققين الإسرائيليين فشل في كسر إرادته، كما يؤكد في شهادته ضمن برنامج "شاهد على العصر".

وفي نظر الإسرائيليين وجهاز الأمن الداخلي (الشاباك) تحديدا كان عيسى يشكل خطورة كبيرة عليهم، لأنه تسبب في مقتل وجرح أكثر من 200 إسرائيلي، حتى إن رئيس الشاباك السابق كارمي غيلون كتب عنه في كتابه "الشاباك بين الأشلاء"، الذي ترجمه رئيس المكتب السياسي السابق لـحماس الراحل يحيى السنوار.

وقال غيلون في الكتاب إن "عبد الناصر عيسى هو من أخطر القادة الذين يصعب الوصول إليهم، وإنه من أبرز قادة كتائب عز الدين القسام في الضفة الغربية، وهو أحد القادة البارزين الميدانيين خاصة في منطقة نابلس، وهو يتميز بالعمل التنظيمي والدعوي.."، كما قال إنه شكل دوما تحديا لأجهزة الأمن الإسرائيلي وسبب حرجاً لها، وإن التحقيق معه حفر في ذاكرة الشاباك.